आटोक्लेव किए जाने वाले सभी बायोमेडिकल कचरे को पहले एक अनुमोदित और लेबल वाले आटोक्लेव बैग में रखा जाना चाहिए। सुइयों और स्केलपेल जैसे नुकीले टुकड़ों को कीटाणुरहित करने से पहले एक अनुमोदित, लेबल वाले, धार वाले धारदार कंटेनर में रखा जाना चाहिए। बैग में नुकीली पिपेट या टूटा हुआ कांच न रखें। इस कचरे को बक्सों या बाल्टियों में रखा जाना चाहिए और ऑटोक्लेव किया जाना चाहिए, या 10% सोडियम हाइपोक्लोराइट जैसे तरल स्टेरिलेंट का उपयोग करके निष्फल किया जाना चाहिए। बायोमेडिकल कचरे को आटोक्लेव में स्टरलाइज़ करने के लिए एक संकेतक होना चाहिए जो यह साबित करता हो कि कचरे को निपटाने से पहले आटोक्लेव किया गया है। कई आटोक्लेव बैग एक संकेतक के साथ आते हैं जिस पर नसबंदी चक्र पूरा होने पर "ऑटोक्लेव्ड" लिखा होता है। बक्सों और बैरलों को ऑटोक्लेव करके कूड़ेदान में डालने से पहले संकेतकों को लगाया जाना चाहिए। संभावित रूप से संक्रामक कचरे को "बायोहाज़र्ड" लेबल किया जाना चाहिए और कंटेनर पर बायोहाज़र्ड लेबल चिपका होना चाहिए। गैर-खतरनाक सामग्रियों जैसे अनुसंधान पशु आवश्यक वस्तुओं, संस्कृति मीडिया और प्रयोगशाला उपकरणों को बाँझ वातावरण में कीटाणुरहित करते समय, अचिह्नित सादे कंटेनर पर्याप्त होते हैं।
शुरू करने से पहले, बैग में भाप उत्पन्न करने की सुविधा के लिए लगभग 50 मिलीलीटर - 100 मिलीलीटर पानी आटोक्लेव बैग में रखा जाना चाहिए। यदि यह पानी स्वाभाविक रूप से भार में मौजूद है, तो अतिरिक्त पानी जोड़ने की कोई आवश्यकता नहीं है। आटोक्लेव बैग को फैलने से रोकने के लिए अच्छी तरह से लपेटा जाना चाहिए। हालाँकि, यदि टेप को बहुत कसकर लपेटा गया है, तो बैग के अंदर भाप का दबाव बन सकता है, जिससे वह फट सकता है। अपने कूड़ेदानों को दोगुना न करें। आटोक्लेव बैग को भाप के लिए पारगम्य होने के लिए डिज़ाइन किया गया है, लेकिन एक डबल बैग बैग के माध्यम से भाप के प्रवाह को रोक देगा। बैग या आटोक्लेव को ज़रूरत से ज़्यादा न भरें क्योंकि भाप का ख़राब प्रवाह स्टरलाइज़ेशन प्रक्रिया में बाधा उत्पन्न कर सकता है। बेहतर होगा कि बैग को सीधे आटोक्लेव में न डाला जाए। उन्हें स्टेनलेस स्टील या पॉलीप्रोपाइलीन ट्रे पर रखा जाना चाहिए।
तरल पदार्थों को आटोक्लेव करते समय, कंटेनर को 75% से अधिक न भरें। इससे यह सुनिश्चित हो जाएगा कि गर्म होने पर तरल पदार्थ के फैलने की गुंजाइश रहेगी। क्योंकि भाप का प्रयोगजीवाणुरहिततरल पदार्थ समस्याग्रस्त हो सकते हैं, यदि संभव हो तो तरल अपशिष्ट को कीटाणुरहित करने के लिए रासायनिक एजेंटों का उपयोग करना सबसे अच्छा है। यदि शोधकर्ता तरल पदार्थों को कीटाणुरहित करने के लिए भाप का उपयोग करना चुनते हैं, तो तरल युक्त कंटेनर को आटोक्लेव स्थितियों का सामना करने में सक्षम होना चाहिए। बोरोसिलिकेट ग्लास या पॉलीप्रोपाइलीन कंटेनर का उपयोग किया जा सकता है। प्रक्रिया के दौरान दबाव बनाने के लिए कंटेनर के ढक्कन को ढीला करना सुनिश्चित करें। ऑटोक्लेविंग के दौरान, हमेशा ढीले कांच के बर्तन और तरल कंटेनरों को द्वितीयक कंटेनरों में रखें। आटोक्लेव से तरल निकालते समय मोटे, गर्मी प्रतिरोधी दस्ताने, सुरक्षा चश्मा और एक रबर एप्रन पहनें। तरल भार के लिए, आटोक्लेव का निकास चक्र बहुत धीरे-धीरे सेट किया जाना चाहिए। इससे तरल को 100 डिग्री से नीचे ठंडा होने का समय मिल जाता है, जिससे दबाव कम होने पर यह उबलता नहीं है। दौड़ पूरी होने के बाद, धीरे-धीरे दरवाज़ा खोलें और तब तक पीछे हटें जब तक कि भाप ख़त्म न हो जाए।
