इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपीसंरचना, आकारिकी और संरचना के बारे में जानकारी प्राप्त करने के लिए एक नमूने के साथ एक इलेक्ट्रॉन किरण की बातचीत से उत्पन्न संकेतों का उपयोग करता है।
इलेक्ट्रॉन बंदूकें इलेक्ट्रॉन उत्पन्न करती हैं।
कंडेनसर के दो सेट इलेक्ट्रॉन किरण को नमूने पर केंद्रित करते हैं, जहां इसे एक पतली किरण में केंद्रित किया जाता है।
इलेक्ट्रॉनों को स्तंभ के नीचे ले जाने के लिए, टंगस्टन फिलामेंट और एनोड के बीच एक त्वरित वोल्टेज (आमतौर पर 100 केवी -1000 केवी के बीच) लगाया जाता है।
जांचे जाने वाले नमूने बहुत पतले होते हैं, प्रकाश सूक्ष्मदर्शी से कम से कम 200 गुना पतले। 20-100 एनएम के अति पतले खंड काटें जिन्हें नमूना धारक पर रखा गया है।
एक इलेक्ट्रॉन किरण नमूने से होकर गुजरती है और नमूने के विभिन्न हिस्सों की मोटाई या अपवर्तक सूचकांक के आधार पर इलेक्ट्रॉन बिखरे हुए होते हैं।
नमूने में सघन क्षेत्र अधिक इलेक्ट्रॉन बिखेरते हैं और इसलिए छवि में गहरे दिखाई देते हैं क्योंकि कम इलेक्ट्रॉन स्क्रीन के उस क्षेत्र से टकराते हैं। इसके विपरीत, पारदर्शी क्षेत्र अधिक चमकीले होते हैं।
नमूने से निकलने वाली इलेक्ट्रॉन किरण वस्तुनिष्ठ लेंस तक पहुँचती है, जिसमें उच्च शक्ति होती है और एक मध्यवर्ती आवर्धित छवि बनाती है।
फिर ऐपिस एक अंतिम, और अधिक आवर्धित छवि बनाता है।

